2016 war den Betei­lig­ten des Projekts erstmals eine Trübung des Augen­lichts der selte­nen Vögel aufge­fal­len. Inzwi­schen sei klar, dass GPS-Sender am oberen Rücken der Tiere dafür verant­wort­lich waren. Da die Vögel im Schlaf den Kopf auf den Rücken legen, kamen sie dem Sender sehr nah und die Augen nahmen Schaden. Die «Bild» hatte zuerst darüber berichtet.

Von 50 mittler­wei­le in Überlin­gen angesie­del­ten Vögeln seien sieben von Augen­trü­bun­gen betrof­fen, 12 der Vögel waren zuletzt aus ihrem Winter­quar­tier an den Boden­see zurück­ge­kehrt. Ein im bayeri­schen Burghau­sen angesie­del­ter Vogel sei auf dem linken Auge gar erblin­det, sagte Fritz. Von den rund 110 Vögeln des Ansied­lungs­pro­jekts seien insge­samt 27 von Augen­trü­bun­gen betroffen.

Um Schäden an den Augen der Waldrap­pe vorzu­beu­gen, würden die GPS-Sender nun ausschließ­lich am unteren Rücken der Vögel angebracht. Dort erhiel­ten die solar­be­trie­be­nen Geräte zwar weniger Sonne, es sei jedoch nicht mit gesund­heit­li­chen Folgen für die Vögel zu rechnen.

Im Frühjahr 2017 hatten Mitar­bei­ter des Waldrapp-Projekts erstmals Jungvö­gel in eine Art Trainings­camp nach Überlin­gen gebracht. Im darauf­fol­gen­den Sommer wurden die Zugvö­gel mit einem Leicht­flug­zeug und Gleit­schirm über die Alpen in ihr Winter­quar­tier, die Toska­na, geführt. Im bayri­schen Burghau­sen, bei Salzburg und in Kärnten wurden ebenfalls Waldrap­pe angesiedelt.